Osoby chcące przygotować własne aplikacje przetwarzające w środowisku Windows bazy danych CDS/ISIS mogą skorzystać z opracowanej przez BIREME (Centrum Informacji Medycznej dla Ameryki Łacińskiej i Regionu Karaibów WHO/PAHO) biblioteka ISISDLL, która może być wykorzystywana w różnych językach programowania, takich jak Visual Basic, Delphi lub C++.
BIREME udostępniło również programy narzędziowe CISIS, przy użyciu których można w systemie DOS tworzyć aplikacje przetwarzające bazy CDS/ISIS bez użycia plików definiujących strukturę tych baz. Poza wykonywaniem wszystkich najważniejszych operacji systemu CDS/ISIS, programy CISIS umożliwiają wykonanie wielu innych czynności niedostępnych w tym systemie, takich jak wygenerowanie dla jednego zbioru głównego kilku zbiorów odwróconych lub sporządzenie zestawień statystycznych fraz występujących w rekordach. W naszym biuletynie z 2007 roku:
Gotowym oprogramowaniem narzędziowym umożliwiającym przetwarzanie baz danych w systemie Windows jest udoptępniony przez UNESCO program SWK (Swiss Knife czyli szwajcarski scyzoryk), który został opisany w naszym biuletynie z 2004 roku. W tym programie jest dostępnych kilkadziesiąt funkcji narzędziowych, które zostały zgrupowane w 7 zakładkach.